20世纪80年代后期，危机后神奇队长第一次出现在1986年的传奇迷你系列中。1987年，队长以正义联盟中的一员在剧中登场，同年，他也有了自己的系列，在这个四期的系列中，编剧试图重新把神奇队长，巫师沙赞，黑亚当，希瓦纳博士等人引入新的DC宇宙。最显著的变化是比利成为队长的理由是他很阳光，故事设定将黄金时代的个性放在黑暗的现代社会，并没有像黄金时代那样将比利和队长分为两个不同性格的人对待。年末DC宣布将维持一个新的连载，但未能实现。
现代
现代的比利和过去比利所面对的敌人大致相同，包括黑亚当、希瓦纳博士、kull国王、艾贝克、纳粹队长、mr.mind等等。神奇队长加入了正义联盟一段时间。他还加入了美国正义协会以监视同样是成员的黑亚当。但是在黑亚当离队后他留任了美国正义会成员。这段时间他开始和星女约会，但由于和队内成员之间的误解，最终离开。
无限危机之后，巫师沙赞被幽灵杀死，永恒之岩也被摧毁，在扎塔娜的帮助下，神奇队长重新囚禁了七宗罪，并且重建了永恒之岩，随后他被任命为Lord shazam，掌管永恒之岩，并且他选择弗雷迪成为他的冠军。
主要的故事线
超人与沙赞：第一声雷
这一系列讲的是两人的第一次见面。超人看到了博物馆正在被抢劫，于是进入检查，几个小偷释放出一个奇怪的生物拖住了超人得以逃跑。另一边神奇队长正在和福西特市的巨大机器人战斗，不像超人那么倒霉，队长战胜了机器人。西瓦那博士因为机器人的失败，打算和另一个被披风男困扰的光头联手——莱克斯卢瑟。
在比利看到博物馆失窃的新闻之后，他打算去福西特市麦克科恩博物馆附件巡逻，他发现又是那帮人在作案。盗贼使用相同的魔法释放出怪物攻击队长，队长与其战斗，这时一个意外的帮手来到，他就是超人。在超人的帮助下，他们战胜了怪物，但是盗贼又跑了。随后他们在珠穆朗玛峰上交谈，原来这帮人遍寻魔法物品。打算召唤怪物sabbac和eclipso。
超人听见福西特市有呼救声，于是两人快速飞回福西特，两人与sabbac展开激战，战斗中神奇队长发现了sabbac的弱点，他的能力也来自魔法词，队长成功欺骗sabbac说出了魔法词，打败了他。超人看到了控制eclipso的窃贼，制服了他同时打败了eclipso。
神奇队长却不知在几天前莱克斯卢瑟就摸清了他的住处。西瓦那博士雇佣了一帮人去刺杀队长，但被队长击败，可悲的是，战斗中的子弹打死了比利最好的朋友。神奇队长怒不可遏，独闯警局，揪出罪犯问清了幕后主使就是西瓦那。于是队长冲去西瓦那的大楼，差点掐死他。之后有谣言说神奇队长杀了一个孤儿。克拉克看到之后，在珠穆朗玛峰那里找到了队长。队长将真身显露给了超人。超人和巫师产生了激烈的争执，说不该让一个孩子承受如此重任。故事的最后，比利一人坐在建筑物中，这时有一个人出现，他自称自己叫克拉克肯特，也就是超人。
大都会的人都陷入了一种疯狂之中，甚至有人因此自杀，一列火车在飞出轨道之前被超人接住。时间就是生命，超人必须尽快解决这混乱。一个女人引起了他的注意，吉奈恩特蕾西博士，她在star实验室工作，在当天的晚些时候，特蕾西到star实验室那曲莱克斯卢瑟的战争服装。超人听到了star实验室的爆炸声，赶到发现被eclipso（前文提到过）控制的特蕾西已经穿上了战争服，大战过后，超人救出了特雷西，但eclipso逃掉了。之后克拉克回家，但妻子露易丝似乎有意激怒克拉克，在克拉克发觉露易丝被控制之前，eclipso控制了克拉克。于是eclipso开始大肆破坏，神奇队长赶到与之作战，之后eclipso控制了队长，巫师沙赞请来幽灵对付他，幽灵把他封印在黑钻石之中。
无限危机期间，神奇队长改变了黑亚当的魔法词，剥夺了他的神力
复仇之日
幽灵打算消除魔法的存在。魔法世界动荡不已，一帮看似走不到一起的英雄打算组队对抗这次危机，他们叫自己shadowpact，在他们组队的同时，幽灵得到了一个出乎意料的盟友，eclipso，他现在的宿主是让罗琳（原子侠妻子），他们组成了一个反魔法世界的致命组合。Eclipso对沙赞怀恨在心，巫师沙赞让神奇队长去对付幽灵，以便在幽灵能力不足之时将之拿下。Shadowpact到达布达佩斯的时候，队长和幽灵正在酣战，他们利用幽灵手忙脚乱之际抓住了eclipso，在击败eclipso之后，shadwpact成员之一，魔女用她的能力，输送魔法给神奇队长对战幽灵，但是随后魔法的平衡被打破，幽灵再次占尽上风，击败了神奇队长，并且和eclipso一起逃脱，Shadowpact则在黑色爱丽丝的帮助下离开，神奇队长回到了永恒之岩重新恢复了力量。之后shadowpact打算利用黑色爱丽丝夺取幽灵的力量。这个计划获得了成功，但是由于幽灵变得没有实体而无法打中他。所有人全力对付eclipso，黑色爱丽丝把她传送到太阳附近，使她在光之下虚弱。幽灵去永恒之岩面对沙赞，神奇队长指责幽灵，但幽灵用闪电将他变回原形并且施法让他睡去。沙赞在和幽灵战斗之前与囚禁在岩石中的mordru （被封印在永恒之岩的混乱领主）大战一场，元气耗尽，随后永恒之岩在幽灵与沙赞的战斗中被毁。Shadowpact召唤了纳布神来对抗幽灵，其余人去修复永恒之岩。幽灵最终打败了纳布，但是幽灵被召回了天堂。
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