商辂一生饱享赞誉。他刚正不阿，宽厚有容，被时人称为“我朝贤佐，商公第一”。
商辂生于明成祖永乐十二年二月二十五日（1414年3月16日），浙江淳安人。宣德十年（1435），他在乡试时考中了第一名。
在正统十年（1445）的科举考试中，商辂于会试、殿试皆为第一名。终有明代近三百年间，在乡试、会试、殿试都取得第一名的逸qun之才（三元及第，同时获得解元、会元、状元），明朝除“六首状元”黄观外只有商辂一人得此殊荣（永乐帝朱棣篡权后，黄观尽忠投江而死，其名从登科录上红笔划去，所以又说商辂是明代唯一的“三元及第”者）。
连中三元后，商辂被朝廷任命为翰林院修撰，不久与刘俨等十人到东阁学习。商辂仪表美好、身体高大，明英宗朱祁镇非常喜欢，亲自挑选他为翰林院的展书官员。
正统十四年（1449）八月，“土木之变”爆发，英宗被俘，由郕王朱祁钰监国。此时，商辂经阁臣陈循、高谷的推荐，得以进入内阁，参预朝廷机要事务的制定、实施。翰林院侍讲徐珵倡议迁都南京，商辂与兵部侍郎于谦等人持相同立场，极力反对京都南迁。不久后，朱祁钰登基为帝，即明代宗，并尊明英宗为太上皇。同年冬，商辂进升为翰林院侍读。
景泰元年（1450），商辂等官员奉命前往居庸关，迎接被瓦剌释放回来的太上皇朱祁镇，商辂又被代宗进升为学士。
景泰三年（1452），锦衣卫都指挥使卢忠令校尉上奏诬告太上皇与少监阮浪、内使王瑶图谋复位。代宗万分震惊且愤然大怒，下诏将两人逮捕入狱，并彻查此事的来龙去脉。卢忠到占卜师同寅宿处占卜，同寅毫不客气地责备他，并厉言警告：“这是大凶之兆，即使死上千回、万回，都不足以赎回犯上作乱的弥天大罪，还是自己想辙保命去吧！我同寅只能说到这里。”卢忠听后大惊，随即假装疯颠，希望能够逃避惩处。商辂及中官王诚对代宗说：“卢忠得的是疯病，不足相信，皇上乃九五之尊，不应听他胡说八道，而伤害了根本的道德伦理（即代宗和英宗的兄弟之情）。”在商辂和王诚的反复解释和规劝之下，代宗怒意才稍稍缓解，于是将卢忠一并下狱。不久杀了王瑶，将阮浪禁锢狱中，后因代宗身体欠佳，从此没有追究此事，卢忠也因而逃过一劫。
景泰三年（1452），代宗将太子朱见浚（即明宪宗朱见深）废为沂王，改立自己的儿子朱见济为皇太子。皇太子改换后，商辂因功进升为兵部左侍郎兼左春坊大学士，并获赐一处位于京城南薰里的大宅子。
当塞上的肥沃土地全被豪强私吞、侵占时，商辂请求朝廷派遣使臣前往塞上登记、核实，并将其归还给当地驻军。
开封、凤阳各州、县的饥民流亡到济宁、临清一带，均遭官府驱逐甚至屠杀。商辂担心官逼民反，便请求朝廷发放粮种，招集流民开垦济宁、临清附近的闲置田地，并拨款建造简易民房，使得流民既解决了住宿难题，又解决了温饱问题。
谏官钟同、章纶被投入诏狱，商辂尽力挽救，使其暂时未被处死。
景泰七年（1456）五月，《寰宇通志》编成，参与纂修的商辂被加兼太常卿一职。
景泰八年（1457）正月，代宗病重，qun臣请求重立东宫（太子朱见济已于景泰四年夭折），代宗不允。将继续上奏时，商辂拿着笔说：“陛下承宣宗皇帝（明宣宗）一脉所袭，大位理应是陛下的亲子承继，怎能还是太上皇的儿子，如此又怎么说的过去？”
听的人都很感动。因天色已晚，故而这封奏章还没有及时上呈。而就在这天夜间，武清侯石亨、都督张辄、太常卿许彬、左副都御史徐有贞以及原王振门下太监曹吉祥等人已经迎接太上皇朱祁镇复辟成功。次日，代宗时期重臣王文、于谦被捕入狱，英宗召商辂与高谷进入便殿，以温和语气下诏，令其起草复位的诏书。石亨偷偷告诉商辂，宽赦的文字不要写入另外的条款。商辂说：”这是制度，不敢改变。”石亨等人很不高兴，命令言官弹劾商辂勾结奸党，将其下狱。商辂上书申诉说《复储疏》在礼部档案中，可以令人复核，但英宗不做理会。中官兴安为商辂开脱，英宗反倒更加恼怒。兴安说：“从前这些人若是皆附议京都南迁，也不知将陛下置于何地，又哪来的陛下复位一说？”英宗听后，这才逐渐想开，最终仅贬斥商辂为一般平民。然而英宗每每还思量、念叨：“商辂，是朕选取的士人，曾经与姚夔在东宫侍读。”英宗不忍抛弃商辂。
因为受到他人的忌恨和陷害，故而商辂在英宗天顺一朝，最终也没获任重用。
成化三年（1467）二月，商辂被召至京城，明宪宗朱见深命他官复原职再入朝廷内阁。商辂上奏推辞，宪宗极力恳求，大声说道：“先帝（英宗）已知……你是……被冤枉的，你就不要……再推辞了。”商辂很是感动，便接受宪宗的邀请，就职后，他向宪宗陈述八事，分别为：
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