亚特兰蒂斯帝国禁军分为皇家舰队和近卫舰队。
皇家舰队有三大舰队：冠以帝国之名的皇帝御用舰队（下辖十五支皇家禁卫军团）以及南斗北斗两大皇家支援舰队（各自下辖六支和七支舰队共十三支舰队）。
近卫舰队则以天空的八十八星座命名，共有八十八支舰队。黄道十二宫为SSS级，每个有三个S级近卫集团军，共36个。其余76个SS级舰队每个有两个S级近卫集团军，共152个。
皇家支援舰队下辖六十五个A级战略支援集团军，充当消防员的角色，属于战略预备队。
皇家亚特兰蒂斯舰队（皇帝御驾EX级）
第一皇家禁卫军团（S级王牌部队）神话
第二皇家禁卫军团（S级王牌部队）神圣
第三皇家禁卫军团（S级王牌部队）神迹
第四皇家禁卫军团（S级王牌部队）神祗
第五皇家禁卫军团（S级王牌部队）神武
第六皇家禁卫军团（S级王牌部队）神威
第七皇家禁卫军团（S级王牌部队）神勇
第八皇家禁卫军团（S级王牌部队）神怒
第九皇家禁卫军团（S级王牌部队）神憎
第十皇家禁卫军团（S级王牌部队）神启
第十一皇家禁卫军团（S级王牌部队）神泣
第十二皇家禁卫军团（S级王牌部队）神权
第十三皇家禁卫军团（S级王牌部队）神座
第十四皇家禁卫军团（S级王牌部队）神魔
第十五皇家禁卫军团（S级王牌部队）神殇
南十字星近卫舰队SS级（在编，八十八星座之一）
第十八近卫合成集团军（S级）
第二十八近卫合成集团军（S级）
皇家北斗七星舰队SSS级（下辖天枢、天璇、天玑、天权、玉衡、开阳、摇光七支舰队）第一到第三十五皇家战略支援兵团
皇家南斗六星舰队SSS级（下辖天府、天梁、天机、天同、天相、七杀六支舰队）
第三十六到第六十五皇家战略支援兵团
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