南山博通经史，对易学、礼学、理学、道家哲学、史学都有深入的研究，学术规模宏大，这一点颇似薛敬轩。在理气论上，他重视重视理气互动，重视气化在宇宙万物生成中的运动，甚至偏向气本论的倾向，呈现出浓厚的儒道融合的特点，这一点在其于正统十二年（1447）完成的《道德经附注》一书中表现得更为明显。他认为正是由于气的运动使理气混合而有太极之名：“太极者，理气混一之名。”
“满宇宙都是此理气充塞。”“理气混融，而天地所由生。”“天体玄默，一理气而已。理气流行，生之又生，万物所由出。”理气相合的运动产生了天地万物，这样就从气学层面丰富了程朱理学的义理空间，使得程朱理学蕴含更多的形而下意味。南山更进一步指出，天地间的气化运动是有灵性的运动，“天地间一气运化而已”。按现在的话语，就是万物的运动是绝对的、有规律性的，并把天地间的气灵称为“天神”，把人心中气寓之理称为“心神”，从气学层面解决了人心虚明灵觉何以可能的重要哲学命题。南山继承朱子“心乃神明之舍”，心具“虚灵之气”，“气本寓理为性，从气发为情”的理论，并认为心之所以可以主宰万物也是因为气的运动。
从这里可以看出，南山与金华何北山一样，比较重视气在心中的活动功能，这也是他融道入儒、以儒释道的表现。在心学涵养论方面，南山重视在主静与主敬交互体认中“克念作圣”，“日用间着实循理行”，从“体认性情发见处”上省察，实现天理周流于人心的光明人格境界。他批评当时社会上流行的过于把捉高明而忘却人间孝悌之事的俗学进路，鼓励学者尽人道。为了更好地实现灵明之心，南山提出了很多涵养心灵的方法，既有“洗心”、“虚心”、“静心”、“明心”、“不动心”等法，也有“循理”、“度之以理”、“依理”、“顺理”、“静观”的处事方法，以体天之生生不息之道，涵养自我身心以造圣贤自由与光明的心境。在涵养心性过程中，南山注意吸收道教修身养性思想，主要有小周天运转、静坐数息，这与白沙主静之学相似。南山晚年颇注意调养身体，说“夜气转先天，微调汞与铅。
辘栌搬运罢，琼液满丹田”，记述了他自己归田后居家闲来无事时，运转小周天道家气功而身心愉悦的状况。“午酌憩蒲团，垂廉看鼻端。兀然神出去，忘却守泥丸”则幽默地写出了自己数息以至于熟睡的经历，表现出南山气功修炼尚未熟练的情形。在理契于内心方面，在养灵台、“养性灵”方面，在追求心体的自由与圣贤如止水之心方面，在求放心方面，在静坐反求身心方面，黄南山与吴康斋一样，表示出相同的涵养方法，他说“物理契吾心，天盘子午针。格来都合着，好识订顽箴”，说明他在涵养论方面把“格物”界定为心具万理的主观体验，这与后来阳明的正念头强调主观精神的体验具有相似性。而其“物我格来都合着，次心端的指南针”，“经书过目每沉吟，只觉经书注我心”，更是表达出他对心的认识与同时代的学者更胜一筹。南山说：“灵台扩知解，人百己须千。
一旦光圆洁，中天月印川。”又说：“老去灵台万事空，寻常坐卧易为空。”“灵台”代表人的内心，此诗表现出南山做心上功夫，从心上用力，最后获得朱子所说的“月印万川”的光明境界。南山用康斋之师杨文定（杨溥，石首人，曾任永乐朝太子洗马，后任内阁首辅，“三杨”之一）韵送给成矩教授的“混混源头活水来，杨家理窟在灵台……敬仲独探心上易，诚斋兼讲卦中才”诗作，则破解康斋“养灵台”心学思想源于杨文定的这一隐秘难题，指出杨文定上承杨简心学思想，接续杨万里的心学活法，赞扬文定精于易学，说明杨文定心学思想浓厚。而吴康斋中年以“养灵台”为涵养门径，其说与杨文定关系密切。晚年的南山心境淡泊，喜欢静坐反观，一于自然之心的涵养，追求圣贤之水之心的心境，表现出超越豪迈的儒家情怀。“老年无欲绝思量，心境双清觉夜长。月向松□擎出好，风从竹下过来凉。
醒醒静听三声磬，默默恭焚一炷香。坐到更深时就枕，梦魂已在白云乡”，这首诗就表现出南山晚年无欲潇洒与恬淡怡然的高明境界。南山在教育孙子从事读书穷理的诗作中，也透露出他无欲无求的自得心境：“学问无过求放心，喜依今日在儒林。莫云经史敲门石，毋炫词章掷地金。约礼要施行与事，博文当究古和今。时来放艇顺流去，碧涨一溪春水深”，意向性地表达了读书要知行合一、古今贯通的宗旨，体现出做学问需要自然而然的治学态度；“时来放艇顺流去，碧涨一溪春水深”，则诗意化地表现出南山一生涵养自得的治学功夫，其收敛内蓄、充然自得的儒家气象令人敬佩。
（二）自然而治：黄南山的外王学思想
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