此前王国宝被相王府赐死，暂时缓和了王恭、殷仲堪大军与朝廷的关系。但地方军阀势力强大，朝廷终究不放心。王国宝死后，司马道子更加倚重谯王司马尚之。司马尚之继承的是父亲司马恬的爵位，是皇室亲王，对朝廷的忠心自然不是那些外姓士族可以相比。他的父亲司马恬就曾掌握北府军，他还有其他三个兄弟，都颇有才干，在朝中或地方担任军职、官职，很受朝廷信赖。
王国宝死后，司马尚之向司马道子建议，“藩镇强大，朝廷势弱，此为心腹大患。相王应该挑选亲近信任的人，建立自己的藩镇。”司马道子深以为然。
恰好江州刺史桓伊告老辞官，朝廷经过权衡，将江州刺史一职交给了王愉。王愉正是王国宝的哥哥，但与王国宝并非一母所生，王国宝在世时，与这个哥哥王愉的关系并不融洽，反而有颇多嫌隙。所以朝廷赐死王国宝后，王愉并没有因此与朝廷结仇，反而获得任用。
江州占据长江中游，是京城和上游荆州之间的重要屏障。为了进一步加强江州的力量，司马道子将豫州四郡划给了江州统领。如此一来，引起了豫州刺史庾楷的强烈不满。他向朝廷上奏道：“江州是内地，不用过多防卫。而豫州北面紧邻后燕和拓跋氏代国，西面不远就是姚氏后秦。削弱豫州，就是打开大门让强敌有机可乘。朝廷怎么能如此自毁长城？”
司马道子当然知道北方强敌环视，但眼下后燕和代国正在交战，暂时没有染指晋朝的迹象。而晋朝内部，王恭和殷仲堪则是令司马道子寝食难安，司马道子权衡轻重缓急，这才决定取豫州四郡给江州，加强江州的防卫。
司马道子好言安抚了一番庾楷，请他体谅朝廷的难处，以大局为重，大概的意思就是说：知道你受委屈了，但为了朝廷的安稳，豫州四郡还是得割给江州。
庾楷一怒之下，主动联络王恭，派去的使者对王恭说：“谯王司马尚之在朝廷中颇为受宠，专权为祸胜过以往的王国宝。王国宝刚死不久，他就让朝廷下旨削弱豫州、加强江州。这一举动，针对的正是荆州军和北府军啊。朝廷早就视地方强镇如眼中钉，现在是削豫州，相信很快就会是荆州、青州、兖州了。朝廷从来没有信任过我们，兔死狗烹是他们一贯的作风。我们不能坐以待毙，必须早作打算，将屡进谗言的谯王司马尚之铲除掉。”
庾楷联络王恭的理由也是铲除奸臣，没敢言明针对朝廷。
只要针对朝廷，就是造反，“铲除奸臣”则是清君侧、正朝纲。这其中的差别是很大的。但实际上，二者之间并没有那么的泾渭分明。反倒是很多反抗朝廷的造反忤逆之举，都是以清君侧、正朝纲的大义之名而行。
王恭本来就对司马道子把持朝政十分不满，现在庾楷主动与他联合，他自然十分乐意。王恭很快回应了庾楷，并通知了盟友荆州刺史殷仲堪、南郡公桓玄。殷仲堪和桓玄经历了王国宝被赐死一事，发现朝廷很好欺负，所以这次也欣然同意出兵。
孙泰此次在新安郡宣布起兵、讨伐王恭，针对的就是王恭此次二度“作乱”。
王恭起兵，说是因为司马尚之专权作乱。孙泰也起兵，说要讨伐乱臣王恭。至于谁是真正的乱臣，谁又能说得清楚？
在朝廷眼中，王恭和孙泰才是乱臣，司马尚之才是忠臣。朝廷倚重司马尚之，外人凭什么说他是乱臣贼子，甚而发起晋阳之师？！
表面看起来，朝廷此次面对的困境比先前北府军、荆州军联合讨伐王国宝的时候还要糟糕。因为豫州刺史庾楷这位盟友已成了敌人，还多了孙泰孙恩这两位居心叵测的“仙人”。
但还有一个好消息，北府军重将——辅国将军刘牢之站在了朝廷这一边。
刘牢之并不支持王恭再一次兴起晋阳之师。他劝阻王恭：“大都督您贵为国舅，相王则是新皇的叔父，本来是一家人，理应同心协力，造福社稷。朝廷倚重谯王，怎么能说他是乱臣贼子呢？所以讨伐谯王的理由并不充分。前不久大都督您要讨伐王国宝，王国宝确实有罪，相王虽然倚重他，还是将其赐死。相王已经做了很大忍让，愿与大都督握手言和，不愿与您为敌。再说庾楷，他不满朝廷是因为豫州四郡割给江州，这是朝堂上的决定，我们不应妄议。再说了，朝廷下令割让的是豫州的土地，跟大都督您有什么关系呢？庾楷请您发兵，只不过是拿我们当枪使，维护他自己的利益罢了。我们为什么要蹚这趟浑水呢？晋阳之师岂能一再发起？”
刘牢之说的也不无道理。但王恭眼高于顶，丝毫没将刘牢之放在眼中，更没有听进去他的这番话。
王恭发兵也有他的理由：“世人口口声声说的朝廷，说的只是相王府、司马道子父子罢了！新皇暗弱，朝政大权被相王府把持，如果先皇地下有知，怕是棺材板都按不住了！最大的乱臣贼子就是相王，他早就有不臣之心！现在如果不行动，将来相王势力越来越大，恐怕不仅仅是效忠先皇的地方藩镇大臣要遭殃，连皇上宝座都要旁落！”王恭作为先皇司马曜的忠实拥护者，绝不会允许这种事情发生。
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